ปี พ.ศ. 2509 สมัยหม่อมหลวงชูชาติ กำภู อธิการบดีมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ในขณะนั้น ได้พิจารณาเห็นว่าพื้นที่ของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ที่บางเขนคับแคบ ไม่สามารถจะได้ จึงได้ดำริที่จะหาพื้นที่ที่เหมาะสมที่อยู่ใกล้กรุงเทพฯ ที่มีดินดีเหมาะต่อการเกษตรและมีโครงการชลประทานผ่านเตรียมไว้ ก่อนราคาที่ดินจะมีราคาสูงขึ้น[2] ซึ่งต่อมาในวันที่ 21 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2510 รัฐบาลในสมัยจอมพล ถนอม กิตติขจร จึงได้ตราพระราชกฤษฎีกากำหนดเขตที่ดินในบริเวณที่จะเวนคืนในท้องที่อำเภอกำแพงแสน จังหวัดนครปฐม เพื่อให้มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์จัดตั้งวิทยาเขตกำแพงแสน[2] โดยมหาวิทยาลัยในสมัยนั้น ได้มีนโยบายที่จะนำอาคารเรียนที่มีอยู่ในวิทยาเขตบางเขนภายหลังที่ได้ย้ายคณะวิชาด้านการเกษตรไปเปิดที่วิทยาเขตกำแพงแสนแล้วนำมาใช้เป็นอาคารเรียนด้านการแพทย์ แต่ได้มีคัดต้านจากประชาคมชาวมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์นโยบายนี้จึงได้ยุติไป ทำได้เพียงนำหลักสูตรวิทยาศาตรบัณฑิต (เกษตรศาสตร์) จากคณะเกษตร หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาศึกษาเกษตร คณะศึกษาศาสตร์ และบางภาควิชาในคณะวิศวกรรมศาสตร์ คือภาควิชาวิศวกรรมอาหาร และวิศวกรรมเกษตรไปดำเนิน ณ วิทยาเขตกำแพงแสน จึงทำให้นโยบายจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ ในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ในช่วงนี้ ต้องยุติไป

ปี พ.ศ. 2539 สมัยนายบรรหาร ศิลปอาชา ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี ทางจังหวัดสุพรรณบุรีได้ทำโครงการนำเสนอคณะรัฐมนตรี โดยภายหลังได้มอบหมายให้มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์เป็นมหาวิทยาลัยเจ้าของเรื่อง โดยหนึ่งในหลักสูตรที่จะเปิดการเรียนการสอน ณ วิทยาเขตสุพรรณบุรีนั้นคือหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต หลังจากที่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้ทำโครงการจัดตั้งวิทยาเขตสุพรรณบุรี โดยวางแผนเปิดรับนิสิตตั้งแต่ พ.ศ. 2541 โดยมีการเปิดสอนระดับปริญญาตรีในหลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิทยาศาสตร์การกีฬา และสาขาการจัดการโรงแรมและท่องเที่ยว และปริญญาโทหลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต ซึ่งต่อมาสาขาวิทยาศาสตร์การกีฬาได้ย้ายไปจัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์การกีฬาที่วิทยาเขตกำแพงแสน และหลักสูตรสาธารณสุขศาสตร์บัณฑิต (หลักสูตรต่อเนื่อง) ภายหลังได้ยุติการดำเนินการและจึงไปดำเนินการจัดตั้งคณะสาธารณสุขศาสตร์ ณ วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติจังหวัดสกลนคร เนื่องจากประสบปัญหาด้านงบประมาณ ไม่ได้รับงานประมาณสำหรับการเปิดสอนหลักสูตรด้านการแพทย์ ณ วิทยาเขตสุพรรณบุรีจึงไม่สามารถเปิดสอนได้

ปี พ.ศ. 2547 รัฐบาลในขณะนั้นได้มีโครงการผลิตแพทย์เพิ่มในโครงการกระจายแพทย์หนึ่งอำเภอหนึ่งทุน โดยมีนโยบายให้มหาวิทยาลัยต่าง ๆ จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์เพิ่มเติมเพื่อลดการขาดแคลนของแพทย์ในประเทศไทย โดยมี มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี, มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี, มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์, มหาวิทยาลัยมหาสารคาม, มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์, มหาวิทยาลัยบูรพา และมีมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ รวมอยู่ด้วย ปี พ.ศ. 2548 สมัยรองศาสตราจารย์วิโรจน์ อิ่มพิทักษ์ อธิการบดีในขณะนั้น มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้จัดตั้งโครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ โดยนำหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต (ฉบับปรับปรุง) ปี 2536 ของวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า[3] แต่เนื่องจากรัฐบาลในขณะนั้นไม่ได้จัดสรรงบประมาณให้มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จึงเป็นอุปสรรค์ในการจัดตั้งหน่วยงานของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในการประชุมสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ครั้งที่ 3/2552 ได้เห็นชอบให้ยุบสำนักงานโครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อวันที่ 23 มีนาคม 2552 และได้มีประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง ให้ยุบสำนักงานโครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ 23 เมษายน พ.ศ. 2552 [4]

ปี พ.ศ. 2557 มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้มีประกาศโครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติจังหวัดสกลนคร ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่องแต่งตั้งคณะกรรมการจัดตั้งโครงการจัดตั้งคณะแพทย์ศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร (มก.ฉกส.) ลงวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2557 และคณะกรรมการพัฒนาหลักสูตรแพทย์ศาสตรบัญฑิต ตามคำสั่ง เรือง แต่งตั้งคณะกรรมการพัฒนาหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติจังหวัดสกลนคร ลงวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2557

ปี พ.ศ. 2563 สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในการประชุมครั้งที่ 12 /2563 เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ. 2563 ได้มีมติในหลักการทบทวนการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ หรือวิทยาลัยการแพทย์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เพื่อเป็นส่วนหนึ่งของการก้าวสู่การรับใช้สังคมและประเทศ โดยมีเป้าหมายที่จะขยายขีดความสามารถโดยให้การศึกษา การวิจัยและการบริการวิชาการด้านการสาธารณสุขและการแพทย์เพื่อพัฒนาคุณภาพชีวิตคนไทยอย่างยั่งยืนบนฐานความเข้มแข็งทางวิชาการและองค์ความรู้ที่สั่งสมมานานกว่า 80 ปี

ต่อมา ปี พ.ศ. 2565 มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้แต่งตั้งคณะกรรมการเพื่อการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ และเพื่อการพัฒนาปรับปรุงหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มีหน้าที่ดำเนินการทั้งมิติด้านวิชาการและด้านบริหารแก่มหาวิทยาลัย เพื่อการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ตลอดจนการพัฒนาปรับปรุงหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต และภารกิจอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง ตามที่อธิการบดีมอบหมาย ตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ 17 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2565 และอนุมัติจัดตั้ง "โครงการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์" เมื่อวันที่ 25 เมษายน 2565 [5]

คณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ครั้งที่ 10/2565 วันจันทร์ที่ 17 ตุลาคม พ.ศ. 2565 ได้เห็นชอบการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์และรับโอนสถานพยาบาลมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มาสังกัดคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ตามบันทึก อว 6501.0201/10721 ลงวันที่ 20 ตุลาคม 2565 แจ้งสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ [6]

สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในการประชุมครั้งที่ 10/2565 เมื่อวันที่ 31 ตุลาคม 2565 มีมติอนุมัติ จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เพื่อดำเนินการจัดการเรียนการสอน วิจัย เพื่อการผลิตแพทย์ และให้บริการทางการแพทย์ แก่ประชาชนในบริบทของ เวชศาสตร์การเกษตรและชีวนวัตกรรม (Agro-Medicine and Bio-Innovation)[7] และมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้มีาฉบับที่ 3) พ.ศ. 2565 [8]